Probenvorbereitung für mikrobielles Whole-Genome-Sequencing (ZentriPrep)

Entwickelt wird ein zentrifugalmikrofluidischer Chip mit benutzerfreundlichen, verschließbaren Schnittstellen zum Einbringen der DNA sowie für die Entnahme der Library. In diesem werden die typischen Schritte einer Aufbereitung für das Sequenzieren automatisiert.

Durch die Integration, Automatisierung und Miniaturisierung der Erstellung von Libraries für das Sequenzieren in eine bestehende zentrifugalmikrofluidische Plattform (zentrifugalmikrofluidischer Chip und zugehöriges Gerät) können die wesentlichen Herausforderungen der Library-Erstellung (Komplexität, Kontamination, Kosten) adressiert und die Vorgaben des Gesetzgebers bezüglich Standardisierung auch bei kleinem bis mittlerem Durchsatz erfüllt werden.

Entwickelt wird ein zentrifugalmikrofluidischer Chip mit benutzerfreundlichen, verschließbaren Schnittstellen zum Einbringen der DNA sowie für die Entnahme der aufbereiteten Library. In diesem können die typischen Schritte einer Aufbereitung für das Sequenzieren mit deutlich reduzierter Kontaminationsgefahr automatisiert durchgeführt werden. Als Demonstrationsbeispiel wird ein Protokoll von Illumina automatisiert und miniaturisiert, um Kosten zu sparen. Angewandt wird die Aufbereitungsmethode in einer Studie für die Gesamtgenomsequenzierung von M. tuberculosis Stämmen. Verglichen wird manuelle Aufbereitung und die in diesem Projekt zu entwickelnde Automatisierungslösung.