Parasiten-Monitoring in Aquakulturen durch Umwelt-DNA und Sequencing (ParaMonA)

Im Projekt sollen Aquakulturen auf Parasiten untersucht werden. Hierzu soll der komplette Workflow des Metabarcodings mittels NGS von der Extraktion bis zur Datenauswertung automatisiert und standardisiert werden.

Seit den 1980er Jahren erlebt die Aquakultur weltweit ein rasantes Wachstum und hat sich zum am schnellsten wachsenden Zweig der Ernährungswirtschaft entwickelt. Krankheiten und Parasiten verbreiten sich jedoch unter den vorherrschenden Bedingungen in Aquakulturen leicht und verursachen hohe wirtschaftliche Verluste. Moderne Methoden wie die Analyse von Umwelt-DNA (eDNA) ermöglichen es, Parasiten frühzeitig zu erkennen. Hierbei wird DNA aus Wasserproben mittels Sequenzierung oder qPCR analysiert, um relevante schädlichen Organismen zu identifizieren. Diese Methoden sind genauer als traditionelle Verfahren, benötigen jedoch Fachwissen und sind anfällig für Kontamination.

Das Projekt möchte diesen Prozess einfacher und effizienter machen. Hierzu wird vor Ort DNA direkt aus Wasserproben gewonnen. Im Labor werden die Proben mithilfe von Einweg-Kartuschen automatisiert analysiert. Mehrere Proben können gleichzeitig verarbeitet werden, was Zeit, Kosten und Ressourcen spart. Am Ende wird ein Bericht mit den Ergebnissen bereitgestellt.